二级生物安全柜使用HEPA过滤，层流气流，以提供操作者，环境和样品的保护。出于无菌的目的，对于0.3微米大小的颗粒，HEPA过滤器的效率通常为99.99+％。

　　典型的微生物程序通常利用本生燃烧器或其他明火来消毒和/或减少交叉污染;但是，由于以下几个原因，不建议在生物安全柜内使用这种明火：

　　1.二级生物安全柜通过在机柜的工作区域上传递向下层流气流（以恒定速度单向行进的空气，没有湍流）来维持样品保护。热空气上升，因此任何明火都会使空气上升到层流下降，产生湍流并阻碍生物安全柜保护工作区域样品的能力。

　　2.如果明火变得太热，它还具有熔化粘合剂的能力，该粘合剂将HEPA过滤介质保持在其框架上。这破坏了HEPA过滤器的有效性，导致正压通风系统中的安全壳损失。

　　3.如果火焰熄灭并且供气阀保持打开，则可燃气体将不受限制地引入机柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空气被再循环（见下面的视频），可燃气体的浓度可能达到爆炸性潜力，不仅对生物安全柜，而且对用户和实验室构成严重风险它占据了。

　　4.美国疾病控制和预防中心（CDC）和国家卫生研究院（NIH）也在出版物中阐述了这一点：微生物和生物医学实验室的生物安全。

　　在二级生物安全柜中工作时，可以采取一些措施来减少材料交叉污染的可能性。打开的管子或瓶子不应垂直放置。使用培养皿和组织培养板的研究人员应将盖子保持在开放的无菌表面上方，以zui大限度地减少向下空气的直接冲击。不应将瓶盖或管帽放在毛巾上。物品应尽快重新盖上或盖好。

　　在生物安全柜的近乎无微生物的环境中不需要明火。在开放式工作台上，燃烧培养容器的颈部将产生向上的气流，防止微生物落入管或烧瓶中。然而，生物安全柜中的明火产生湍流，破坏了供应到工作表面的HEPA过滤空气的模式。当认为必要时，可以使用配备有指示灯以按需提供火焰的触摸板微型燃烧器。内部机柜空气扰动和热量积累将小化。工作完成后必须关闭燃烧器。小型电动“炉”可用于净化细菌环和针，并且优于生物安全柜内的明火。二级生物安全柜应尽可能使用一次性或可回收的无菌环。